PNAS:耳聋研究新突破:刘志勇/陆发隆合作揭示耳蜗中三个Atoh1增强子协同调控听觉毛细胞发育
2022-08-06 “生物世界”公众号 “生物世界”公众号
解析了新生小鼠耳蜗毛细胞的全基因组开放染色质图谱,发现和验证了两个之前未知的 Atoh1 增强子。研究利用 CRISPR-Cas9 基因编辑技术敲除单个或同时敲除多个 Atoh1 增强子。
耳蜗毛细胞是声音的感受器,转录因子 Atoh1 突变小鼠完全丧失毛细胞,相反,过表达 Atoh1 能够额外产生更多的毛细胞。Atoh1 的重要生物学功能使之成为毛细胞发育再生领域的一个重要靶点。因此,探索 Atoh1 表达的调控机制具有重要的科学意义。
Atoh1 在毛细胞发育过程中高度动态变化,但其精准调控机制知之甚少。过去20年,Atoh1 增强子1(Eh1)被认为对 Atoh1 的表达至关重要。然而,这一假说一直未得到体内实验的证实,且毛细胞中是否存在尚未发现的其他 Atoh1 增强子也未知。
2022年8月4日,中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心(神经科学研究所)刘志勇研究组与中科院遗传与发育生物学研究所陆发隆研究组合作,在《美国国家科学院院刊》(PNAS)在线发表了题为:Three distinct Atoh1 enhancers cooperate for sound receptor hair cell development 的研究论文。
该研究解析了新生小鼠耳蜗毛细胞的全基因组开放染色质图谱,发现和验证了两个之前未知的 Atoh1 增强子。研究利用 CRISPR-Cas9 基因编辑技术敲除单个或同时敲除多个 Atoh1 增强子,揭示了 Atoh1 的三个增强子以剂量依赖性协同调控毛细胞发育。
该研究为 Atoh1 表达的精准表观遗传学调控机制提供了更深入的理论依据,并为耳蜗毛细胞再生提供了新的潜在靶点。
该研究利用 CRISPR-Cas9 基因编辑技术敲除 Eh1、Eh1 -/- 小鼠耳蜗毛细胞发育完全正常,这表明 Eh1 对于毛细胞的发育不是必需的。该结果和预期完全相反,提示毛细胞存在尚未发现的其他 Atoh1 增强子。
研究流式分选获得新生小鼠耳蜗毛细胞(图1A),并利用染色质开放性测序技术(ATAC-seq),建立了毛细胞的全基因组染色质开放图谱,发现了两个位于 Atoh1 远端的新增强子(Eh2和Eh3)。Eh2 和 Eh3 只在毛细胞中开放,而在对照组(小脑颗粒细胞前体细胞,同样表达 Atoh1)中处于关闭状态,提示 Eh2 和 Eh3 是毛细胞特异的调控元件(图1B)。
科研团队构建了转基因小鼠,验证了 Eh2 和 Eh3 是特异在毛细胞中活跃的增强子(图1C)。为了进一步探究 Eh2 和 Eh3 在毛细胞发育中的功能,研究在小鼠中分别敲除 Eh2 和 Eh3,毛细胞发育完全正常或者仅有弱的发育异常。而同时敲除 Eh2 和 Eh3,毛细胞数量明显减少;进一步发现,同时敲除三个 Atoh1 增强子使毛细胞数量进一步下降到最低点。正常的耳蜗毛细胞数量约2800个(图1D),敲除 Atoh1 的三个增强子后,毛细胞数量急剧减少到约86个(图1E),上述实验结果表明 Atoh1 的三个增强子协同调控毛细胞的形成。
图1.耳蜗毛细胞ATAC-seq,增强子验证和功能分析。A、耳蜗毛细胞流式分选和ATAC-seq示意图;B、Eh2和Eh3在毛细胞中保持开放,而在对照组中处于关闭状态;C、转基因小鼠耳蜗染色分析发现Eh3特异驱动毛细胞中EGFP报告基因的表达;D、正常野生型耳蜗毛细胞;E、同时敲除Atoh1的三个增强子引起毛细胞数量急剧减少。
研究人员利用 CUT&RUN 技术,揭示了 Atoh1 蛋白在耳蜗毛细胞中的全基因组结合位点,发现 Atoh1 可以直接结合到 Eh1、Eh2 和 Eh3 这三个增强子上,从而调控 Atoh1 自身的表达(图2)。该结果提供 Atoh1 的三个增强子被敲除后,Atoh1 表达水平显着下降,引起毛细胞数量急剧减少的分子机制。
图2.Atoh1和三个增强子的调控示意图。在正常毛细胞中,Atoh1蛋白可以直接结合到三个增强子(Eh1、Eh2和Eh3)上,促进Atoh1自身的表达。三个增强子被同时敲除,失去了自主调控作用,引起Atoh1表达下降,毛细胞数量减少。
该研究为在成年耳蜗支持细胞内如何重新启动 Atoh1 的表达提供了理论指导,有助于促进未来成年耳蜗毛细胞再生恢复研究。
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