TCGA数据库使用教程：官网、数据下载与数据挖掘分析
2020-08-15 网络 网络
肿瘤基因组图谱 (TCGA) 计划由美国 National Cancer Institute(NCI) 和 National Human Genome Research Institute（NHGRI
肿瘤基因组图谱 (TCGA) 计划由美国 National Cancer Institute(NCI) 和 National Human Genome Research Institute（NHGRI）于 2006 年联合启动的项目，其主要收录各种人类癌症（包括亚型在内的肿瘤）的临床数据，基因组变异，mRNA表达，miRNA表达，甲基化等数据，是癌症研究者很重要的数据来源，目前共计研究 36 种癌症类型。 TCGA 利用大规模测序为主的基因组分析技术，通过广泛的合作，理解癌症的分子机制。提高人们对癌症发病分子基础的科学认识及提高我们诊断、治疗和预防癌症的能力。 最终完成一套完整的与所有癌症基因组改变相关的「图谱」。 一、TCGA数据库说明与数据下载 首先，TCGA官网：https://cancergenome.nih.gov/abouttcga/overview 1. 数据等级： TCGA存储的数据可分为三个级别： Level 1: 原始的测序数据（fasta,fastq等） Level 2:比对好的bam文件 Level 3:为经过处理及标准化的数据 Level
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