通过全基因组研究（GWAS）识别HCV诱发肝细胞癌的易感基因座
2011-04-04 MedSci原创 MedSci原创
丙型肝炎病毒（HCV）感染是发生肝细胞癌（HCC）的一个主要危险因素。日本学者Kato1等人研究了HCV感染者发生HCC的宿主遗传因素，结果显示MK基因的遗传变异是预测HCV诱发HCC的生物标志物。 为了识别HCV诱导HCC的遗传易感因素，研究者们使用日本721例HCV诱发HCC病例和2890例HCV阴性对照的432703个常染色体 SNP，进行全基因组相关性研究（GWAS）。由于从慢性
丙型肝炎病毒（HCV）感染是发生肝细胞癌（HCC）的一个主要危险因素。日本学者Kato1等人研究了HCV感染者发生HCC的宿主遗传因素，结果显示MK基因的遗传变异是预测HCV诱发HCC的生物标志物。
为了识别HCV诱导HCC的遗传易感因素，研究者们使用日本721例HCV诱发HCC病例和2890例HCV阴性对照的432703个常染色体 SNP，进行全基因组相关性研究（GWAS）。由于从慢性丙型肝炎（CHC）到HCC的进展受年龄、性别因素的强影响，研究者在分析中将年龄和性别作为所有检测位点的共变量进行logistic回归分析。对于在GWAS中显示可能有关联（P<1×10-5）的单核苷酸多态性（SNP），进一步在673个病例和2596名对照者中进行基因型分析。
通过GWAS，共识别出8个独立的显示可能有关联的位点。复制后，发现MK基因的5’端侧翼区中有一个新位点（SNP）（P联合=4.21x10-13，OR=1.39）与HCV诱发的HCC强相关，而其余7个SNP不能复制此关联性。在CHC患者中进行的后续分析提示，该SNP与CHC易感性不相关（P=0.61），但与CHC向HCC的进展显著相关（P=3.13x10-8）。研究者还发现，SNP的危险等位基因与HCV诱发HCC患者中血清MK水平较低相关（P=1.38x10-13）。
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