J Periodontal Res: 长非编码RNA相关内源性RNA网络在牙周炎中的整合分析
2018-07-22 MedSci MedSci原创
长非编码RNA（lncRNA）在调节牙周炎的各种生物过程中起着关键和复杂的作用。该生物信息学研究旨在通过整合lncRNA，miRNA和mRNA表达构建竞争性内源RNA（ceRNA）网络。
长非编码RNA（lncRNA）在调节牙周炎的各种生物过程中起着关键和复杂的作用。该生物信息学研究旨在通过整合lncRNA，miRNA和mRNA表达构建竞争性内源RNA（ceRNA）网络。
获取1种miRNA和3种mRNA表达谱的数据以构建lncRNA相关的ceRNA网络。使用Gene Ontology网站和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes进行基因本体富集分析和通路分析。基于用于检索相互作用基因/蛋白质的搜索工具构建蛋白质 - 蛋白质相互作用网络。基于TRANSFAC数据库鉴定差异表达基因的转录因子（TF），然后构建调控网络。
结果：通过构建失调的ceRNA网络，检测到6种基因（HSPA4L，PANK3，YOD1，CTNNBIP1，EVI2B，ITGAL）和3种miRNA（miR-125a-3p，miR-200a，miR-142-3p）。在该ceRNA网络中，发现三种lncRNA（MALAT1，TUG1，FGD5-AS1）靶向miR-125a-3p和miR-142-3p。蛋白质相互作用网络分析鉴定了几个中枢基因，包括VCAM1，ITGA4，UBC，LYN和SSX2IP。三种通路（细胞因子 - 细胞因子受体，细胞粘附分子，趋化因子信号传导通路）被鉴定为与牙周炎中先前的生物信息学研究重叠的结果。此外，包括FOS和EGR在内的2个TF被鉴定为参与牙周炎中差异表达基因-TF的调节网络。
这些发现表明6种mRNA（HSPA4L，PANK3，YOD1，CTNNBIP1，EVI2B，ITGAL），3种miRNA（hsa-miR-125a-3p，hsa-miR-200a，hsa-miR-142-3p）和3种lncRNA（MALAT1） ，TUG1，FGD5-AS1）可能参与了牙周炎的lncRNA相关的ceRNA网络。本研究旨在通过构建与lncRNA相关的ceRNA网络进一步阐明牙周炎的遗传和表观遗传机制。
原始出处：
S. Li， et al. Integrated analysis of long noncoding RNA‐associated competing endogenous RNA network in periodontitis. Journal of Periodontal Research. 2018 June. doi： 10.1111/jre.12539
作者：MedSci
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